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科研工具与笔记

分子对接、化学信息学,以及实验方法的整理与记录。这里放的是可以公开的部分。

关于

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这里写一句您是谁、在做什么方向,例如「有机合成与计算化学,平时做一些把重复操作自动化的小工具」。

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工具

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分子对接

一键对接流程

把受体准备、定盒、对接、重对接自检和结果报告串成一条命令,支持 CPU、GPU 与 Vina 三种引擎。

AutoDockVinaP2Rank
化学信息学

RDKit 对接流程

以 RDKit 承担配体准备与构象处理,配合格式转换、相互作用分析和 2D 结构出图。

RDKitMeekoProLIF
结构式

结构式与表格

批量把 SMILES 转成结构式图片写入表格,以及在表格里直接画结构、回读 MOL。

ExcelSMILESJSME
文献

版式保留翻译

英文文献的中文对照阅读,保留分栏与图表位置,参考文献自动跳过。

PDFOCR
教程

对接视频笔记

两套分子对接教程的分步整理:蛋白准备、格点生成、参数取舍与结果判读。

GlideMaestro
计算

符号计算笔记

用计算机代数处理反应动力学、投料衡算与带单位计算的可复现文档。

CASwxMaxima

笔记

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